La science est basée sur des jeux d'hypothèses de départ (postulats, axiomes, … ) à partir desquelles le raisonnement réfléchi (spécifique à l'homme ?) conduit à des conséquences vérifiées ou non par l'expérience (objective ou subjective). Ces déductions n'ont que la pertinence de leurs bases de départ … qui n'ont pas de caractères absolus.
La logique permet de vérifier l'exactitude des déductions, mais ne dit rien de la solidité de ses fondements … tant qu'ils ne sont pas contradictoires entre eux.
La démarche scientifique, face à un phénomène inexpliqué, commence par une intuition concernant la cause, la logique en déduit que si cette hypothèse est juste, il doit en résulter certaines conséquences que l'expérience doit confirmer … ce qui valide alors l'intuition de départ.
Une théorie nouvelle s'élabore, le plus souvent, non en démolissant la précédente, mais en expliquant des phénomènes que cette dernière ne comprenait pas : il s'agit plus, habituellement, d'un développement, un nouveau bourgeon que d'une destruction – reconstruction de l'ancien.